Das Einsatzgebiet dieser Therapieform ist sehr vielseitig.
Mit der Verabreichung der Mikrobiologischen Präparate lassen sich zahlreiche immunologische Vorgänge anstoßen. Spezifische und unspezifische Abwehrmechanismen können beeinflusst werden und somit zeigt sich die breite Indikation für diese Therapieform.
Neben der Behandlung von Allergien, der Immunmodulation, insbesondere bei Infektanfälligkeit, der Sanierung der Darmflora im Rahmen von Pilzbefall des Darms oder Antibiotikatherapie, zählen die chronisch-entzündliche Darmerkrankungen und die Nahrungsmittelintoleranzen zum Einsatzgebiet. Rheumatische oder entzündliche Erkrankungen des Bewegungsapparates gehören ebenfalls zu den möglichen Indikationen. Auch begleitend zu oder im Anschluss einer Strahlen- und Chemotherapie können die Präparate, zur Minderung von Nebenwirkungen eingesetzt werden.
Bei der Mikrobiologischen Therapie werden Präparate die lebende Mikroorganismen oder deren Bestandteile oder Stoffwechselprodukte enthalten nach einem bestimmten Schema verordnet.
Es handelt sich um eine relativ nebenwirkungsfreie Therapieform. Möglich sind Allergien auf die Präparate, insbesondere deren Zusatzstoffe, z.B. bei Hefeallergie bei einigen Präparaten.
Zu Beginn der Therapie können Blähungen und Durchfälle auftreten.
Nicht angewendet werden sollte die Mikrobiologische Therapie bei schweren konsumierenden Erkrankungen, insbesondere im Endstadium.
Auch bei akuten Entzündungen der Verdauungsorgane (insbesondere der Bauchspeicheldrüse) sollten die Präparate nicht angewendet werden.
Auch hier besteht wieder eine gute Kombinierbarkeit mit anderen Therapieformen der Schul- und Komplementärmedizin.